《麻省理工科技評論 MIT Tech》8/1
* 【改善空氣污染能降低患阿茲海默症風險】
根據 7/26 日在美國丹佛舉行的 2021 年阿茲海默病協會國際會議上發佈的多項研究報告，改善空氣污染會改善認知功能，降低阿茲海默症風險。此前報告曾顯示，長期暴露於空氣污染與阿爾茨海默病相關腦斑有關。而此次會議是第一次累計證據表明，減少污染，特別是空氣中的細顆粒物和燃料燃燒產生的污染物，與降低全因失智症和阿茲海默症風險有關。
* 【MIT科學家研究了如何減少一次性口罩對環境的影響】
據估計，COVID-19大流行期間每天產生多達7200噸的醫療廢物，其中大部分是一次性口罩。近日，麻省理工學院（MIT）的一項新研究指出，通過採用可重復使用的口罩可以大大減少這一損失，該研究計算了幾種不同的口罩使用方案的財務和環境成本。研究人員表示，完全可重復使用的硅膠N95口罩能更大程度地減少浪費，而他們現在正致力於開發這種新型口罩。目前，這項研究已經刊登在《British Medical Journal》上。
* 【新發明的的尿液或血液測試方法可以發現腦腫瘤】
劍橋大學的醫學研究人員開發了兩種新的測試方法，能夠檢測最惡的腦癌膠質瘤。使用新開發的測試可以在病人的尿液或血漿中檢測到腫瘤，這也是世界上第一個此類測試方式。
* 【歐洲科學家開發出可低成本製造發光材料的新技術】
劍橋大學和慕尼黑工業大學領導的研究人員發現，通過將一種材料的每 1000 個原子中的一個換成另一個，他們能夠將一種被稱為鹵化物鈣鈦礦的新材料類發光體的發光能力提高兩倍。該發現有益於製造更有效的低成本發光材料，這些材料具有柔性，並可使用噴墨技術列印。相關研究發表於《美國化學會志》。
* 【哈佛科學家發起伽利略項目，致力尋找宇宙中的外星科技文明】
哈佛帶領的一支科學家團隊，已經發起了一個旨在宇宙中尋找外星生命證據的伽利略項目（Galileo Project）。結合地面望遠鏡、人工智能等方案，這項研究將著重於外星智能的物理例證，而不是源自遙遠文明的電磁信號。
* 【科學家發現潛在療法能提高人類免疫系統在體內搜索和消滅癌細胞的能力】
近日，南安普敦大學和米蘭國家分子遺傳學研究所的研究人員發現了一種潛在的治療方法，可以提高人類免疫系統在體內搜索和消滅癌細胞的能力。研究人員表示，他們已經確定了一種限制調節免疫系統的一組細胞的活動的方法，這反過來可以釋放其他免疫細胞來攻擊癌症患者的腫瘤。目前，這項研究已經發表於《PNAS》。
* 【美國研究團隊在太陽能制氫方面獲得新突破】
數十年來，世界各地的研究人員一直在尋找利用太陽能來制氫的關鍵反應方法，即如何將水分子分解成氫氣和氧氣。儘管大多數努力以失敗而告終，且少數成果也面臨著成本過高的尷尬。德克薩斯大學奧斯汀分校的一支研究團隊，還是設法找到了一種通過厚二氧化硅層來創建導電路徑的方法來有效從水中分離氧分子。該方案能夠低成本地運用，並擴展到大批量生產流程中。有關這項研究的詳情，已經發表在近日出版的《Nature Communications》期刊上。
* 【現近 20% 的原始森林景觀與採礦、石油和天然氣等採掘業特許地相重疊】
國際野生生物保護學會(WCS)和世界自然基金會（WWF）的一項新研究顯示，近 20% 的熱帶原始森林景觀（IFLs）與採礦、石油和天然氣等採掘業的特許地相重疊。重疊的總面積約為97.5萬平方公里，大約相當於埃及的面積。採掘業特許地與熱帶國際森林公園重疊最多，佔總面積的 11.33%，而石油和天然氣特許地的重疊面積佔總面積的 7.85%。該研究發表在《森林與全球變化》上。
* 【MIT研究人員用紅外攝像機和人工智能來預測「沸騰危機」】
最近，麻省理工學院（MIT）核科學與工程系的研究人員，通過訓練一個神經網絡模型來預測「沸騰危機」。研究人員表示，該模型能夠從具有不同形態和潤濕性（或吸濕性）的表面上的氣泡動力學的高分辨率紅外測量中預測沸騰危機的餘量（即偏離核沸騰比，DNBR）。這項研究成果或將應用於冷卻計算機芯片和核反應堆。目前，該研究已經發表於《Applied Physics Letters》。
* 【英國研究人員使用一種創新方法來「逆轉」與年齡有關的記憶衰退】
英國研究人員的一項新研究提出了一種創新的方法來治療與年齡有關的記憶衰退。臨床前研究顯示，通過「操縱」大腦中被稱為神經元周圍基質網絡(PNNs)的結構組成，可以逆轉衰老小鼠的記憶衰退。
* 【中國科學家利用簡單的 RNA 微調讓馬鈴薯和水稻產量提高 50%】
北京大學的研究小組將一種叫做 FTO 的單一基因插入到馬鈴薯和水稻植株中。由此產生的植物是更有效的光合作用者，這意味著它們長得更大，產量也更高 —— 在實驗室中產量提高了 3 倍，在田間產量提高了 50%。它們還能長出更長的根系，這有助於它們更好地忍受乾旱。
* 【歐盟提出一攬子應對氣候變化方案】
歐盟委員會近日提出應對氣候變化的一攬子計劃提案，旨在實現到 2030 年歐盟溫室氣體淨排放量與 1990 年的水平相比至少減少 55%，進而到 2050 年實現碳中和的目標。這份提案涉及交通、能源、建築、農業和稅收政策等諸多領域，具體內容包括收緊現有碳排放交易體系，增加可再生能源的使用，提高能源效率，盡快推出低碳運輸方式及相關配套基礎設施和燃料，制定與脫碳目標相一致的稅收政策等。
* 時間晶體即將誕生？當地時間 7 月 28 日，谷歌在一篇預印本論文中表示，其首次使用 「懸鈴木」 （Sycamore）量子計算機創造出了 「真正的時間晶體」。
參與該研究的科學家超過 80 人，分別來自Stanford 大學、普林斯頓大學、MIT 和德國德累斯頓馬普固體化學物理學研究所（德累斯頓）等科研院所，論文標題為《在量子處理器上觀測時間晶體的本徵態序》（Observation of Time-Crystalline Eigenstate Order on a Quantum Processor ）。
* 【新分子圖譜揭示腦細胞發育軌跡】
瑞士洛桑聯邦理工學院（EPFL）和瑞典卡羅林斯卡學院的研究人員首次繪制了胚胎大腦細胞在成熟過程中遵循的遺傳和發育軌跡。這份分子圖譜不僅可幫助人們識別與神經發育狀況有關的基因，確定腦癌中惡性細胞的來源，還可以作為評估實驗室中乾細胞產生的腦組織的參考，同時能改進神經退行性疾病的細胞替代療法。相關研究發表在近日的《自然》雜誌上。
* 【液體填充光纖設計可實現更可靠的數據傳輸】
瑞士 Empa 研究所的研究人員開發了一種光纖，該光纖由連續的液體甘油芯和透明含氟聚合物護套組成。這種光纖以光脈衝的形式傳輸數據的能力跟固體塑料光纖差不多，另外它還擁有更高的抗拉強度。
nature communications期刊 在 [期刊] 投稿經驗Nature Communications - 看板PhD - 批踢踢 ... 的八卦
1. 領域：Biology
2. 期刊名稱：Nature Communications (2015 IF: 11.47)
3. 被accepted/revised/rejected：Accepted
4. 投稿後大約多久才收到結果：
Manuscript submitted 2015-02-11
Manuscript under consideration 2015-02-12
Manuscript with reviewers 2015-02-17
Awaiting resubmission 2015-03-31 (NCOMMS-15-02779A)
Manuscript submitted 2015-06-30
Manuscript under consideration 2015-06-30
Manuscript with reviewers 2015-07-02
Awaiting resubmission 2015-07-12 (NCOMMS-15-02779B)
Manuscript submitted 2015-07-17
Manuscript under consideration 2015-07-17
Manuscript with reviewers 2015-07-20
Awaiting resubmission 2015-07-24 (NCOMMS-15-02779C)
Manuscript submitted 2015-08-03
Manuscript under consideration 2015-08-03
Accepted 2015-08-07
PDF proof available 2015-08-27
Annotated proof sending back 2015-08-29
Published 2015-09-18
5. Reviewer的數目：2 (第一輪共 9 comments, 4 與 5; 第二輪 2 comments, 2 與 0)
6. 心得：
這是博班主要的計畫，主要是定序一種海洋生物的基因體。隨著現在定序
的價錢愈來愈低，基因體的文章也愈來愈不值錢了。最近在 Nat Commun 還
看到一篇定兩種蝴蝶再加做 CRISPR (註1) 的，然後隨隨便便 scaffold N50
(註2) 就跑到 1 Mb 以上，是想逼死誰...
這個計畫從 2012 就開始做了，一開始是用 454 (現在公司已經收起來了)，
後來加用 Illumina 的 MiSeq 跟 HiSeq，最後加了一點 PacBio。
除了基因體的數據，我們也用了大量轉錄體，甚至蛋白質體。現在單一基因體
的計畫要發好文章簡直比登天還難了。有些是定了超多不同個體，大概 2011
到 2012 年左右之後是一個分水嶺，比如說：
2013 年 Nat Genet: 兩種烏龜
2013 年 Nature: 三種海洋無脊椎
2014 年 Cell: 89 隻北極熊跟棕熊
2014 年 Science: 20 隻兔子
2014 年 Science: 48 種鳥 (Order genome project 包了鳥所有的目)
2014 年 Nature: 四種絛蟲
2014 年 Nat Commun: 兩種蜘蛛
2015 年 Nat Genet: 三種海洋哺乳類
2015 年 Nat Genet: 69 隻豬
或者是一個基因體加很多不同的轉錄體：
2013 年 Science: 一種櫛水母基因體 + 另外 10 種轉錄體
2014 年 Nature: 一種櫛水母基因體 + 另外 9 種轉錄體
2015 年 Nature: 一種章魚 + 12 個組織的轉錄體
我們一開始也試投 Nature，但是三天就被退回來，建議轉投 Nat Commun。
後來再試試看 Science，更快，兩天就退稿，建議轉投他們的新期刊
Science Advances。這些期刊退稿手腳非常俐落，幾天到一週內就會有結果。
附帶一提，根據投稿流水號，Nature 大概一天收到 50 篇投稿。Nat Commun
大概是每天 70 篇左右。所以有非常大量的稿件基本上編輯自己看個兩下就
下決定了。以 Nat Commun 去年的發文量大約在 3,000 篇來看，每天收到
70 篇文章最後的接受率大約在 15-20%。
投稿完的狀態，Nature 系列雜誌似乎喜歡用 Manuscript under
consideration，基本上如果編輯喜歡這篇文章，送審時間會在一週以內。
拿到 Manuscript with reviewers 表示這篇文章最起碼被送外審了。
如果直接拿到 Decision sent to author 就是表示 GG 的意思。看一下
信箱就會看到罐頭拒絕文。
第一次審閱的意見大概一個半月回來，編輯給三個月時間修改。最後文章修
了兩輪，第一輪非常快，10 天意見就回來了，搞定了 reviewer 2 的意見，
表示可以接受。可是 reviewer 1 還不滿意，編輯又給了六週。但是我已經
不想補那些實驗了，會沒完沒了。
所以就補一些分析，然後 cover letter 跟編輯說明一下狀況。最後一輪，
意見 4 天後就回來，reviewr 1 似乎也曉得我們的難處，也覺得我們的說
明很合理，也就接受了。
最後編輯給兩週的時間做一些期刊格式上的修改，另外上傳所有定序資料的
原始讀取數據，我花了一些時間搞清楚怎麼把東西上傳到 NCBI，然後請 NCBI
的人幫忙我們另外做一套基因體的註解 (NCBI 有一套他們的自動流程)。
編輯要求的修正結束後，約 2-3 週的時間拿到 PDF 檔校稿，校稿完約再
三週登出。
距離投稿到登出來，大概七個多月，如果仔細看一下 Nat Commun 的文章，
其實都搞蠻久的，大概平均也要半年的時間吧。感覺是不注重速度比較在乎
品質的期刊。(我有另外一篇小的比這篇要晚投，晚修改，比這篇還早登出來。)
附帶一提，2014 年 10 月以後所有投稿的文章都必須選擇 open access (OA)
，用 Creative Commons (CC) 4.0 License。發表費用是 5,200 美金
約 17 萬台幣。是目前最貴的 OA 費用，不過我想如果文章被接受實驗室應
該很樂意付才是。
以上，一點心得分享。祝大家投稿順利。
註解：
1. 近來很夯的 genome editing 技術，是大腸桿菌用來防禦病毒的免疫系統，
經由人為修改之後可以使用一條 RNA (guide RNA) 跟 cas9 這個蛋白質去
修改 DNA 的序列。
詳細請看發明者 Jennifer Doudna 在 iBiology 的介紹：
https://www.youtube.com/watch?v=SuAxDVBt7kQ
2. N50 是基因體片段 (contig 或 scaffold) 從大排到小，加起來，到了一
半基因體大小的那個基因體片段的長度。越長代表組得越好。
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.107.60.147
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/PhD/M.1442684562.A.975.html
※ 編輯: biolenz (111.107.60.147), 09/20/2015 02:06:19
※ 編輯: biolenz (111.107.60.147), 12/12/2016 01:13:36
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