2021年2月28日，臺北市萬華區長沙街二段（康定路口），艋舺清水巖祖師廟在半世紀前因道路拓寬而被拆除的部分要蓋回來了！（張哲生 攝）
艋舺清水巖祖師廟在被指定為古蹟（1985年）之前，於1969年至1975年間，其右護龍（北側廂房）因長沙街之拓寬而被切掉將近一半的空間，之後興築的北側牆面結構則是混合了石牆、斗子砌牆及紅磚牆，並非祖師廟最初的磚造古牆。
臺北市文化局之2019年5月8日北市文化文資字第1083016917號函決議：先以祖師廟古蹟保存區967地號內先行修復；維持既有道路寬度，人行道縮減，公共設施保留不動。
艋舺清水巖乃自福建泉州安溪清水巖分靈來台祭祀，於清乾隆52年（1787年）創建，清咸豐3年（1853年）發生「頂下郊拚」時被燒毀，後於清同治6年（1867年）重建。
艋舺清水巖廟宇兩廊曾於日治時期用作總督府國語學校附屬學校（今台北市老松國小）、台北州立第二高級中學（今台北市成功中學）、艋舺第二公學校（今台北市龍山國小）等校初創期之校舍，對教育的貢獻良多。今址為台北市萬華區康定路81號（康定路與長沙街交會處），與艋舺龍山寺、大龍峒保安宮合稱「台北三大廟門」，也與三峽祖師廟、淡水祖師廟合稱台北地區三大祖師廟。
艋舺清水巖俗稱艋舺祖師廟，目前廟前牌樓上的全名為艋舺清水巖祖師廟，主祀清水祖師，最早興建於1787年（後於1867年重修，1875年竣工），1985年被內政部公告為國家三級古蹟，現為直轄市定古蹟。
清水祖師為安溪人的守護神，早期，台北盆地周圍多為安溪移民所開拓，故台北地區清水祖師廟林立；在台北的清水祖師廟中，又以艋舺祖師廟、三峽祖師廟與淡水祖師廟三地最為重要，而其中又以艋舺祖師廟最具歷史特色，象徵泉州三邑人、同安人、漳州人與客家人外的第四種移民勢力，還見證了「頂下郊拚」這場影響台北歷史甚鉅的械鬥事件。
1780年代自中國大陸渡海來台的福建泉州安溪移民，公推翁有來為董事，募得30,000銀元，為其從泉州府安溪縣蓬萊鄉清水巖攜來的清水祖師香火，於1787年（清乾隆52年）在台北艋舺修築廟宇，1790年（清乾隆55年）落成，即今之艋舺清水巖。
1817年（清嘉慶22年）6月，颱風侵襲艋舺清水巖，翁有來於是又向鄉人募捐5,000銀元重修。
後來，泉州三邑人為了爭奪艋舺的商業利益，於1853年（清咸豐3年）與同安縣人發生「頂下郊拚」事件。當時居住於艋舺的泉州三邑人，欲攻打同安人，但苦於沼澤之礙，便想由清水巖通過，故向安溪人要求燒毀清水巖，並答應事後將重修清水巖。
沒想到「頂下郊拚」事件之後，三邑人竟毀約，於是清水巖董事白其祥只得向安溪移民募款25,000銀圓以重建清水巖，並於1867年（清同治6年）動工整修，但工程進度緩慢，一直到1875年（清光緒元年）才完工。
當時的艋舺清水巖有三殿，格局完整，但後殿於1940年（日昭和15年）遭大火燒毀，迄今未重建，因此目前僅剩三川殿及正殿。
艋舺清水巖在日治初期的1896年（日明治29年），被台灣總督府用來當做總督府國語學校附屬學校（今台北市老松國小之前身）之校舍。該校於1906年（日明治39年）1月遷至現址（蓮花池畔），並改名為艋舺公學校。
1919年（日大正8年）4月1日，艋舺第二公學校（今台北市龍山國小之前身）也在艋舺清水巖建校，將之作為臨時校舍。
1922年（日大正11年）5月8日，台北州立第二高級中學依地方人士之倡議，設校於艋舺清水巖；之後在1925年（日大正14年）於樺山車站附近興建新校舍（地點為今台北市濟南路一段71號），在翌年（1926年）夏天落成啟用，並訂定5月17日鄭成功登陸台灣之日為該校之校慶日，同年5月30日，該校正式從艋舺清水巖遷往新址。
二戰後，台北州立第二高級中學於1946年奉令更名為台灣省立台北第二中學，之後依眾議定名為台灣省立台北成功中學，用以紀念民族英雄鄭成功，而台灣省立台北第一中學亦同時更名為台灣省立建國中學，乃寓中華民國國父孫中山「建國成功」之意。
1982年5月《文化資產保存法》制定之初，係將古蹟區分為第一級、第二級、第三級三種。艋舺清水巖祖師廟於1985年8月19日由內政部公告為第三級古蹟，後於1997年4月《文化資產保存法》第二次修法時，改為市定古蹟，再於2000年1月《文化資產保存法》第三次修法時，改為直轄市定古蹟迄今。
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