0506新加坡聯合早報
*【美國華盛頓大學一研究所預測 印度至7月底死亡人數可達100萬】
印度一個研究小組使用數學模型預測,如果當前疫情趨勢繼續,到了6月11日,印度因冠病死亡者將達約40萬4000人。美國華盛頓大學的衛生計量與評估研究所的一個模型則預測,到7月底,印度的冠病死者將達101萬8879人。
https://www.zaobao.com.sg/news/world/story20210506-1144578
*【印度官員表示該國將不可避免第三波冠病疫情】
印度政府首席科學顧問維賈伊·拉加萬在新聞發佈會上說:“鑒於目前冠病病毒傳播水準居高不下,第三波疫情是不可避免的。但是,目前尚不清楚此第三波疫情將在多長時間內發生。我們應該為新一波疫情做準備。”印度目前正在遭受第二波疫情的衝擊。印度衛生部5日公佈的資料顯示,該國過去24小時新增冠病病例38萬2315起,累計2066萬5148起;新增死亡病例3780起,累計22萬6188起。印度單日新增病例已連續兩周超過30萬起。專家說,疫情可能要數周才能達到高峰。
https://www.zaobao.com.sg/realtime/world/story20210506-1144701
*【庫存大於國內接種需求 拜登宣佈啟動“疫苗外交”】
由於美國的冠病疫苗庫存已經大於美國人的接種需求,美國總統拜登宣佈加入中國和俄羅斯早就已經啟動的疫苗外交行列,向海外出口冠病疫苗。拜登4日誓言,美國將成為全球“對抗冠病的武器庫”,其中包括送出6000萬劑阿斯特捷利康疫苗,以及美國的疫苗工廠將大量生產疫苗。他說:“這是一項重大的人道主義承諾。我們將儘快採取行動,以盡可能多地生產出莫德納和輝瑞疫苗,並出口到世界。”
https://www.zaobao.com.sg/news/world/story20210506-1144579
*【美國宣佈支持豁免冠病疫苗專利】
美國總統拜登的政府5日宣佈支持全球豁免冠病疫苗的專利保護,並將在世界貿易組織談判條款。美國貿易代表戴琪在發表的一份聲明中說,雖然智慧財產權對企業重要,華盛頓“支援放棄對冠病疫苗的保護”。她說:“這是一場全球健康危機,冠病大流行的特殊情況需要採取非常措施。”
https://www.zaobao.com.sg/realtime/world/story20210506-1144675
*【拜登疫苗計畫新目標: 獨立日前讓1.6億人完成兩劑接種】
美國總統拜登宣佈新的冠病疫苗接種計畫目標,希望在7月4日美國獨立日之前,讓70%成人接種至少一劑疫苗,並讓1.6億人完成兩劑的疫苗接種。他也說,一旦獲得有關當局批准,政府就會讓12歲至15歲的青少年接種冠病疫苗。
https://www.zaobao.com.sg/news/world/story20210506-1144580
*【逾50歲英國人 秋季接種第三劑疫苗】
為了在耶誕節之前根除冠病病毒威脅,英國將在今年秋天讓50歲以上人士接種第三劑冠病疫苗。英國《泰晤士報》報導,這項計畫將由英格蘭首席醫療官惠蒂監督。該計畫目前有兩個選項:一是提供為抵抗變種病毒株而專門改良的疫苗;另一選項是接種輝瑞-BioNTech、阿斯特捷利康或莫德納的第三劑疫苗,它們都是英國目前為公眾接種的三款疫苗。
https://www.zaobao.com.sg/news/world/story20210506-1144583
*【巴西累計冠病病例近1500萬起】
巴西衛生部5日通報過去24小時新增7萬3295起冠病病例,累計近1500萬起。另外,巴西當天新增2811起冠病死亡病例,累計41萬4399起。巴西總統博索納洛說,美國總統拜登將很快向這個南美國家發送阿斯特捷利康冠病疫苗。巴西衛生部長凱羅加此前說,巴西正向美國尋求疫苗供應。
https://www.zaobao.com.sg/realtime/world/story20210506-1144705
*【日本疫情仍嚴峻 東京大阪緊急狀態或延長】
日本政府在五一黃金長假之前對東京和大阪等四大城市所實施的“緊急防疫措施”未見奏效,難以按計劃在5月11日解除。據日媒報導,疫情升溫讓7月將舉辦奧運的東京蒙上陰影。
https://www.zaobao.com.sg/news/world/story20210506-1144581
*【挪威下月初推出疫苗證書 接下來將有歐盟版供跨境旅行】
挪威將在6月初推出可驗證的疫苗證書,讓持有者參加在挪威舉行的活動,至於符合歐洲聯盟標準的疫苗證書則會在6月下旬推出。挪威首相索爾貝格週三在新聞發佈會上說,大約四分之一的挪威人口接種了第一劑冠狀病毒疫苗,6.8%的人完成了兩劑疫苗的接種。
https://www.zaobao.com.sg/news/world/story20210506-1144582
*【莫德納:追加劑可改善對主要冠病變種病毒的免疫反應】
美國莫德納5日宣佈,一項小型臨床試驗的初步資料顯示,莫德納追加劑可改善人們對主要冠病變種病毒的免疫反應。
https://www.zaobao.com.sg/realtime/world/story20210506-1144682
*【繼雪州六縣 吉隆玻和柔佛巴魯等地週五起實施第三輪行管令】
馬來西亞政府4日宣佈在首都吉隆玻周圍的雪蘭莪六縣實施新一輪行動管制令而引起議論後,當局昨天改變政策,宣佈吉隆玻和柔佛柔佛巴魯等地,週五起也同樣落實行管令。
https://www.zaobao.com.sg/news/sea/story20210506-1144587
*【遏制日益嚴重疫情 雪隆為自願者接種阿斯特捷利康疫苗】
馬國免疫計畫協調部長凱利表示,這批阿斯特捷利康疫苗只讓疫情最嚴重的雪蘭莪與吉隆玻民眾接種。他說,當局接下來還將引進更多阿斯特捷利康疫苗,並推廣至其他疫情嚴重的州屬。
https://www.zaobao.com.sg/news/sea/story20210506-1144588
*【擔心引發新一波疫情 馬哈迪主張2023年屆滿才大選】
馬來西亞前首相馬哈迪認為,第15屆全國大選應該等到這屆國會2023年五年屆滿後才舉行,因為目前冠病疫情嚴重,若此時舉行選舉的話,很可能引發新一波冠病疫情。馬哈迪在接受《馬來西亞前鋒報》的訪問時說,各方應緊記去年9月的沙巴州選舉後,馬國的冠病病例隨即飆升而引發第三波疫情,這應該成為當局的一個教訓。
https://www.zaobao.com.sg/news/sea/story20210506-1144590
*【新疫情源自外國旅客 越南延長入境後隔離期】
越南最新一波冠病疫情證實源自于外國旅客,政府宣佈延長訪客入境後的隔離期,同時下令加強邊境管制,以遏制疫情。根據越南政府網站的一則貼文,越南副總理武德儋週二在冠病疫情工作小組會議上,下令有關當局加強對來訪旅客的檢查。另外,當局將“按地區,逐家逐戶”進行檢查,同時會仔細檢查所有接待海外工人的公司,以遏阻疫情蔓延。
https://www.zaobao.com.sg/news/sea/story20210506-1144592
*【泰國批准2550億泰銖追加救濟配套 助民眾應付第三波疫情】
泰國首相巴育在簡報中說,這項新推出的財政計畫包括軟貸款、公用事業補貼,和在現行現金轉移計畫下促進國內消費的現金轉移。在第一階段,政府將提供200億泰銖的軟貸款,以及5月至6月價值100億泰銖的公用事業補貼。巴育說,現金轉移計畫將價值855億泰銖。
https://www.zaobao.com.sg/realtime/world/story20210505-1144543
*【柬埔寨疫情未好轉 多地區依然處於封鎖】
柬埔寨冠病疫情持續蔓延,西南部西哈努克省政府宣佈延長西哈努克市“封城”措施一周。中新社報導,柬埔寨衛生部5日通報,該國新增672起冠病確診病例。在嚴峻疫情形勢下,多個省政府決定進一步收緊管控措施,以阻止疫情進一步蔓延。其中,西哈努克省政府宣佈,延長西哈努克市“封城”措施一周,以更有效控制疫情。
https://www.zaobao.com.sg/realtime/world/story20210505-1144536
*【G7考慮美國提議 建立磋商機制攜手抗中】
七國集團(G7)正考慮美國提出建立磋商機制的提議,以協調對抗白宮所認定的中國“經濟脅迫”。七國集團外長在當地時間本月3日於倫敦舉行面對面會議。彭博社引述一名不願具名官員透露,一份文件在會議召開之前已經在傳閱。美國國務院一位不願透露姓名的高級官員則稱,會議花了約90分鐘討論中國試圖通過“一帶一路”倡議或“經濟威脅”來影響個別國家及個人的行為。
https://www.zaobao.com.sg/news/china/story20210506-1144599
*【緬民團政府:已組人民防衛隊保護反政變者】
由部分反政變前民盟國會議員組成的“民族團結政府”稱已組建一支人民防衛部隊,以保護支持者免受政府軍的暴力攻擊。緬甸民族團結政府昨天發表聲明說,“人民防衛部隊”將成為未來“聯邦聯合軍”的前身,而這支部隊有責任“對安全部門進行有效改革,以終止長達70年的內戰”。此外,新部隊也將處理“國家行政委員會對人民的軍事攻擊和暴力”。
https://www.zaobao.com.sg/news/sea/story20210506-1144593
*【以色列總統授權“擁有未來”黨領導人拉皮德組建新政府】
以色列總統里夫林宣佈,正式授權中左翼政黨“擁有未來”黨領導人亞伊爾·拉皮德組建新政府。里夫林在一份聲明中表示,經過對議會各黨派立場的瞭解,拉皮德獲得議會120名議員中56名議員的支持,“組建新政府的可能性最大”。拉皮德隨後表示,他將儘快組建一個團結政府,以使“左派和右派共同應對經濟和安全挑戰”。
https://www.zaobao.com.sg/realtime/world/story20210506-1144685
*【臉書繼續禁川普在該平臺發佈內容】
臉書監督委員會宣佈維持此前決定,限制美國前總統川普在臉書及Instagram帳戶上發佈內容。委員會也表示,臉書應根據其他平臺使用者適用的規則,給予相符的“適當回應”。另外,臉書必須在六個月內完成審查工作。
https://www.zaobao.com.sg/realtime/world/story20210505-1144542
*【美國學者:蓋茲夫婦離婚後 慈善基金捐贈數額將受影響】
美國微軟創辦人比爾蓋茲宣佈與妻子離婚投下震撼彈。蓋茲在聲明中表示,離婚後兩人將繼續在共同創立的慈善機構比爾和梅琳達蓋茲基金會工作,但美國媒體分析認為,離婚仍將影響他們對基金會的捐贈數額。
https://www.zaobao.com.sg/news/world/story20210506-1144584
*【國際貨幣基金組織籲各國 制定全球最低公司稅】
國際貨幣基金組織呼籲各國就企業所得稅的全球規則達成共識,以避免潛在的貿易戰和稅收衝突。國際貨幣基金組織(IMF)總裁格奧杰娃指出,以美國提出的實施全球最低公司稅率的建議為例,這類涉及稅務的多邊協定,是確保高盈利的跨國公司在開展業務的地方,包括在低收入國家支付足夠稅務的唯一方法。
https://www.zaobao.com.sg/news/world/story20210506-1144585
*【拒守北京夏季捕撈禁令 菲鼓勵漁民在領海繼續捕魚】
菲律賓與中國就南中國海的主權爭議持續,馬尼拉表明拒絕遵守北京實施的年度夏季捕撈禁令,還鼓勵菲漁民在該國領海繼續捕魚。中國自1999年以來,每年5月1日至8月16日都會實施海洋伏季休漁期,禁止捕撈活動,而這項禁令涵蓋範圍包括南中國海及中國其他岸外水域。
https://www.zaobao.com.sg/news/sea/story20210506-1144594
*【渾水創始人籲應摘牌在美上市的很多中國公司】
知名做空者Carson Block說,許多中國公司應該從美國市場摘牌。Block旗下公司的報告讓企業不法行為成為人們關注的焦點。《華爾街日報》報導,去年年底,美國政府通過了一項新法律,禁止交易審計檔連續三年沒有受到美國監管機構檢查的外國公司。一些投資者表示,該法將根除欺詐行為,尤其是海外公司的欺詐行為。Block說,實際情況並非如此,尤其是在美國上市的中國公司。
https://www.zaobao.com.sg/realtime/china/story20210506-1144706
*【美軍料中國長征五號B火箭殘骸重返大氣層】
五角大樓預計,正在墜落的中國火箭殘骸將飛出軌道並於8日重新進入地球大氣層,不過美國官員們表示現在還無法預測碎片的落點。五角大樓發言人科比週三表示,美國國防部長奧斯丁正在定期聽取關於這枚長征五號B火箭軌跡的彙報。上個月,該枚火箭成功將中國第一個空間站核心艙——“天和”核心艙送入軌道。科比說,儘管美國太空軍司令部正在對其進行監控,但目前軍方對此無能為力。
https://www.zaobao.com.sg/realtime/china/story20210506-1144699
*【美國務院:日韓同意充分執行聯合國決議保護朝鮮半島穩定】
美國國務院發言人表示,美國國務卿布林肯5日與日本和韓國同行商定,有必要充分執行聯合國決議,以保護朝鮮半島的穩定。布林肯週三在倫敦舉行的七國集團外長會議上與韓國外長鄭義溶和日本外相茂木敏充會面。美國國務院發言人內德說:“他們……一致認為必須全面執行聯合國安理會(包括朝鮮)的有關決議,並合作加強威懾力,維護朝鮮半島的和平與穩定。”
https://www.zaobao.com.sg/realtime/world/story20210505-1144541
*【德國計畫將2030年碳減排目標提高至65%】
德國媒體《明鏡週刊》報導,根據新計畫,德國新設的目標是在2045年實現淨零排放,比原計劃提前五年。上周,德國憲法法院表示,德國政府尚未闡明如何將2030年以後的碳排放量降低到2050年幾乎為零的水準,為子孫後代增加了“不公平”的負擔。
https://www.zaobao.com.sg/realtime/world/story20210505-1144537
*【埃及法院裁定長賜號不得離開蘇伊士運河】
共同社報導,對於此前在埃及蘇伊士運河擱淺的“長賜”號(船東為日本的正榮汽船公司),伊斯梅利亞的法院4日作出裁定,認為要求該船留在運河內直至談妥賠償的決定是恰當的,駁回了要求重啟航行的正榮汽船方面提出的異議。蘇伊士運河管理局4月中旬表示將扣留“長賜”號,當月下旬發聲明稱賠償談判“接近達成共識”。不過,圍繞運河局方面提議的“約9億美元”賠償金額,磋商進展艱難。運河局方面實施的擱淺原因調查結果也尚未公佈,貨輪無法重啟航行。
https://www.zaobao.com.sg/realtime/world/story20210505-1144520
黃金標準碳權 在 Facebook 八卦
「它將改變一切!」
DeepMind AI解決生物學50年來重大挑戰,破解蛋白質分子折疊問題。
本週振奮全球AI界的消息:Google旗下人工智能企業DeepMind發布了最新 AlphaFold成果,這是全球AI界無比振奮的重大科研突破。蛋白質存在於我們世界中的所有有機物體及奧妙人體中,全新的AlphaFold 算法揭秘了生物學界50年來試圖破解蛋白質分子折疊的難題,這項AI帶來的重大突破,將幫助科學家弄清某些困擾人們的疾病機制、加速找出新型流行病的具體原因(比如今年的全球新冠大流行),促進新藥設計、幫助農業增產、解析可有效降解廢棄物的嶄新成分、甚至探索為大氣減碳的全新解決方案。
我特別期待 AlphaFold 能為人類健康、環境生活推向更寬廣的可能性。在魔幻2020 最後一個月,這真是一個讓人懷抱希望的全新技術可能性,期待 AlphaFold之後締造更多 AI for Good 落地應用。
以下文章詳盡解釋了這項突破,內容經《機器之心》微信公眾號授權轉載。
▎生物學界最大的謎團之一,蛋白質折疊問題被 AI 破解了。
11 月 30 日,一條重磅消息引發了科技界所有人的關注:谷歌旗下人工智能技術公司 DeepMind 提出的深度學習算法「Alphafold」破解了出現五十年之久的蛋白質分子折疊問題。
最新一代算法 Alphafold 2,現在已經擁有了預測蛋白質 3D 折疊形狀的能力,這一複雜的過程對於人們理解生命形成的機制至關重要。
DeepMind 重大科研突破的消息一出即被《Nature》、《Science》等科學雜誌爭相報導,新成果也立刻獲得了桑達爾 · 皮查伊、伊隆 · 馬斯克等人的祝賀。
科學家們表示,Alphafold 的突破性研究成果將幫助科研人員弄清引發某些疾病的機制,並為設計藥物、農作物增產,以及可降解塑料的「超級酶」研發鋪平道路。
「這是該研究領域激動人心的一刻,」DeepMind 創始人、首席執行官德米斯 · 哈薩比斯說道。 「這些算法今天已經足夠成熟強大,足以被應用於真正具有挑戰性的科學問題上了。」
蛋白質對於生命至關重要,它們是由氨基酸鏈組成的大型複雜分子,其作用取決於自身獨特的 3D 結構。弄清蛋白質折疊成何種形狀被稱為「蛋白質折疊問題」。在過去 50 年裡,蛋白質折疊一直是生物學領域的重大挑戰。
DeepMind 的 AlphaFold 讓人類在這一問題上取得了重要突破。在今年的國際蛋白質結構預測競賽 CASP 中,DeepMind 開發的 AlphaFold 最新版本擊敗了其他選手,在準確性方面比肩人類實驗結果,被認為是蛋白質折疊問題的解決方案。這一突破證明了 AI 對於科學發現,尤其是基礎科學研究的影響。
在兩年一次的 CASP 競賽中,各組爭先預測蛋白質的 3D 結構。今年,AlphaFold 擊敗了所有其他小組,並在準確性方面與實驗結果相匹配。
對於不熟悉生物領域的人來說,CASP 的大名可能有些陌生——CASP 全稱 The Critical Assessment of protein Structure Prediction,旨在對蛋白質結構預測進行評估,被譽為蛋白質結構預測的奧林匹克競賽。 CASP 從 1994 年開始舉辦,每兩年一屆,目前正在進行的一屆是 11 月 30 日開始的 CASP14。
而 DeepMind 這一突破有什麼影響?
用哥倫比亞大學計算生物學家Mohammed AlQuraishi 在Nature 文章中的話來說,「可以說這將對蛋白質結構預測領域造成極大影響。我懷疑許多人會離開該領域,因為核心問題已經解決。這是一流的科學突破,是我一生中最重要的科學成果之一。」
▎蛋白質折疊問題
蛋白質的形狀與它的功能密切相關,而預測蛋白質結構對於理解其功能和工作原理至關重要。很多困擾全人類的重大問題(如尋找分解工業廢料的酶)基本上都與蛋白質及其扮演的角色有關。
多年以來,蛋白質結構一直是熱門的研究話題,研究者使用核磁共振、X 射線、冷凍電鏡等一系列實驗技術來檢測和確定蛋白質結構。但這些方法往往依賴大量試錯和昂貴的設備,每種結構的研究都要花數年時間。
1972 年,美國科學家 Christian Anfinsen 因「對核糖核酸酶的研究,特別是對其氨基酸序列與生物活性構象之間聯繫的研究」獲得諾貝爾化學獎。在頒獎禮上,他提出了一個著名的假設:從理論上來說,蛋白質的氨基酸序列應該可以完全決定其結構。這一假設引發了長達五十年的探索,即僅僅基於蛋白質的一維氨基酸序列計算出其三維結構。
但這一思路的挑戰在於,在形成三維結構之前,蛋白質的理論折疊方式是一個天文數字。 1969 年,Cyrus Levinthal 指出,如果使用蠻力計算的方式來枚舉一種蛋白質可能存在的構象,要花費的時間甚至比宇宙的年齡還要長。 Levinthal 估計,一種蛋白質大約存在 10^300 種可能構象。但在自然界中,蛋白質會自發折疊,有些只需幾毫秒,這被稱為 Levinthal 悖論。
CASP 14 比賽最新結果:AlphaFold 中位 GDT 高達 92.4
CASP 競賽由 John Moult 和 Krzysztof Fidelis 兩位教授於 1994 年創立,每兩年進行一次盲審,以促進蛋白質結構預測方面的新 SOTA 研究。
一直以來,CASP 選擇近期才經過實驗確定的蛋白質結構,作為參賽團隊測試其蛋白質結構預測方法的目標(有些結構即使在評估時仍然處於待確定狀態)。這些蛋白質結構不會事先公佈,參賽者也必須對其結構進行盲測,最後將預測結果與實驗數據進行對比。正是基於這種嚴苛的評估原則,CASP 一直被稱為預測技術評估方面的「黃金標準」。
CASP 衡量預測準確率的主要指標是 GDT(Global Distance Test),範圍從 0 到 100,可以理解為預測的氨基酸殘基在正確位置閾值距離內的百分比。 John Moult 教授表示,GDT 分數在 90 分左右,即可視為對人類實驗方法具備競爭力。
在剛剛公佈的第14 屆CASP 評估結果中,DeepMind 的最新AlphaFold 系統在所有預測目標中的中位GDT 達到92.4,意味其平均誤差大概為1.6 埃(Angstrom),相當於一個原子的寬度(或0.1納米)。即使在難度最高的自由建模類別中,AlphaFold 的中位 GDT 也達到了 87.0。
歷屆 CASP 競賽自由建模類別中預測準確率中位數的提升情況,度量指標為 BEST-OF-5 GDT。
CASP 競賽自由建模類別中的兩個目標蛋白質示例。 AlphaFold 能夠預測出高度準確的蛋白質結構。
這些令人振奮的結果開啟了生物學家使用計算結構預測作為科研主要工具的時代。 DeepMind 提出的方法對於某些重要的蛋白質類別尤其有用,例如膜蛋白(membrane protein)。膜蛋白很難結晶,因此很難通過實驗方法來確定其結構。
該計算工作代表了在蛋白質折疊這一具備 50 年曆史的生物學問題上的驚人進展,比該領域人士成功預測蛋白質折疊結構早了幾十年。我們將很興奮,它能從多個方面對生物學研究帶來基礎性改變。 ——Venki Ramakrishnan 教授(諾貝爾獎得主,英國皇家學會會長)
▎DeepMind 這樣解決蛋白質折疊問題
2018 年,DeepMind 團隊使用初始版 AlphaFold 參加 CASP13 比賽,取得了最高的準確率。之後,DeepMind 將 CASP13 方法和相關代碼一併發表在 Nature 上。而現在,DeepMind 團隊開發出新的深度學習架構,並使用該架構參加 CASP14 比賽,達到了空前的準確率水平。這些方法從生物學、物理學、機器學習,以及過去半個世紀眾多科學家在蛋白質折疊領域的工作中汲取靈感。
我們可以把蛋白質折疊看作一個「空間圖」,節點表示殘基(residue),邊則將殘基緊密連接起來。這個空間圖對於理解蛋白質內部的物理交互及其演化史至關重要。對於在 CASP14 比賽中使用的最新版 AlphaFold,DeepMind 團隊創建了一個基於注意力的神經網絡系統,並用端到端的方式進行訓練,以理解圖結構,同時基於其構建的隱式圖執行推理。該方法使用進化相關序列、多序列比對(MSA)和氨基酸殘基對的表示來細化該圖。
通過迭代這一過程,該系統能夠較強地預測蛋白質的底層物理結構,並在幾天內確定高度準確的結構。此外,AlphaFold 還能使用內部置信度度量指標判斷預測的每個蛋白質結構中哪一部分比較可靠。
DeepMind 團隊在公開數據上訓練這一系統,這些數據來自蛋白質結構數據庫(PDB)和包含未知結構蛋白質序列的大型數據庫,共包括約 170,000 個蛋白質結構。該系統使用約 128 個 TPUv3 內核(相當於 100-200 個 GPU)運行數週,與現今機器學習領域出現的大型 SOTA 模型相比,該系統所用算力相對較少。
此外,DeepMind 團隊透露,他們準備在適當的時候將這一 AlphaFold 新系統相關論文提交至同行評審期刊。
AlphaFold 主要神經網絡模型架構概覽。該模型基於進化相關的蛋白質序列和氨基酸殘基對運行,迭代地在二者的表示之間傳遞信息,從而生成蛋白質結構。
▎對現實世界的潛在影響
「讓 AI 突破幫助人們進一步理解基礎科學問題」,經過 4 年的研究攻關,現在 AlphaFold 正在逐步實現 DeepMind 初創時的願景,在藥物設計和環境可持續性等領域都產生了重要的影響。
馬克斯· 普朗克演化生物學研究所所長,CASP 評估員Andrei Lupas 教授表示:「AlphaFold 的精確模型讓我們解決了近十年來被困擾的蛋白質結構,重新啟動關於信號如何跨細胞膜傳輸的研究。 」
DeepMind 表示願與其他研究者合作,以進一步了解 AlphaFold 在未來幾年的潛力。除了作用於經過同行評審的論文以外,DeepMind 還在探索如何以最佳的可擴展方式為系統提供更廣泛的訪問可能。
同時,DeepMind 的研究者還研究了蛋白質結構預測如何幫助人們理解一些特殊的疾病。例如,通過幫助識別存在故障的蛋白質,並推斷其相互作用的方式,來理解一些疾病的原理。這些信息能夠讓藥物開發更加精確,從而補充現有的實驗方法,並更快找到更有希望的治療方法。
AlphaFold 是十分卓越的,它在預測結構蛋白質的速度和精度上有著驚人的表現。這一飛躍證明了計算方法對於生物學中的轉換研究,加速藥物研發過程都具有廣闊的前景。
同時許多證據也表明,蛋白質結構預測在未來的大流行應對上是有用的。今年早些時候,DeepMind 使用 AlphaFold 預測了包括 ORF3a 在內的幾種未知新冠病毒蛋白質結構。在 CASP14 中,AlphaFold 預測了另一種冠狀病毒蛋白質 ORF8 的結構。目前,實驗人員已經證實了 ORF3a 和 ORF8 的結構。儘管具有挑戰性,並且相關序列很少,但與實驗確定的結構相比,AlphaFold 在兩種預測上都獲得了較高的準確率。
除了加速對已知疾病的了解,AlphaFold 還具備很多令人興奮的技術潛力:探索數億個目前還沒有模型的數億蛋白質,以及未知生物的廣闊領域。由於 DNA 指定了構成蛋白質結構的氨基酸序列,基因組學革命使大規模閱讀自然界的蛋白質序列成為可能——在通用蛋白質數據庫(UniProt)中有 1.8 億個蛋白質序列。相比之下,考慮到從序列到結構所需的實驗工作,蛋白質數據庫(PDB)中只有大約 170000 個蛋白質結構。在未確定的蛋白質中可能有一些新的和未確定的功能——就像望遠鏡幫助人類更深入的觀察未知宇宙一樣,像 AlphaFold 這樣的技術可以幫助找到未確定的蛋白質結構。
▎開創新的可能
AlphaFold 是 DeepMind 迄今為止取得的最重要進展之一,但隨著後續科學研究的開展,依然有很多問題尚待解決。 DeepMind 預測的結構並非全部都是完美的。還有很多要學習的地方,包括多蛋白如何形成複合體,如何與 DNA、RNA 或者小分子交互,以及如何確定所有氨基酸側鏈的精確位置。此外,在與他方合作的過程中,還需要學習如何以最好的方式將這些科學發現應用在新藥開發以及環境管理方式等諸多方面。
對於所有致力於科學領域中計算和機器學習方法的人而言,像 AlphaFold 這樣的系統彰顯了 AI 作為基礎探索輔助工具的驚人潛力。正如 50 年前 Anfinsen 提出的遠超當時科研能力所及的挑戰一樣,這個世界依然有諸多未知的方面。
DeepMind 取得的這一進展令人們更加堅信,AI 將成為人類擴展科學知識邊界的最有用工具之一,同時也期待未來多年的艱苦工作能夠帶來更偉大的發現。
影片及原文,參考 DeepMind官方部落客 https://deepmind.com/blog/article/alphafold-a-solution-to-a-50-year-old-grand-challenge-in-biology
黃金標準碳權 在 文茜的世界周報 Sisy's World News Facebook 八卦
12月27日 今日財經要聞
今天財經方面好消息居多
中國近期發生,疑似錢荒再起的風波,已逐漸平息。
美股 日股 黃金 原油都呈上揚居面
標普上調烏克蘭主權評等
歐巴馬也簽署新預算法案
人民幣兌美金中間價一度突破 6.11創下新高 但後市震盪
今日財經要聞
中國貨幣市場重歸平靜
美聯儲推遲發布附加資本規則
【國際財經】IMF︰發達國家將成全球經濟增長新驅動
美國股市再創歷史新高
原油期貨走高
黃金期貨上漲
台灣央行維持利率不變﹐短期內將保持寬松政策
美國上週首次申請失業救濟人數降至33.8萬
中國工信部向11家民營企業發放虛擬運營商牌照
美日加大力度推進沖繩美軍基地搬遷事宜
阿裡巴巴子公司獲準在國內提供電信服務
美國10年期國債收益率觸3%
美國公司大規模回購股票和派發股息
銀行在中國移動支付市場漸失競爭力
中國將加強嬰幼兒配方乳粉監管
海普瑞擬3.375億美元收購美國供應商
英國大銀行調整融資策略
標普上調烏克蘭長期主權評級展望至穩定
為新總統擁抱大和解按讚,伊朗股市今年狂漲133%
2030年英國將成「歐洲最大經濟體」
6億美元巨額損失!美銀行協會擋沃爾克規則
標題新聞:12月24日止當周美國貨幣市場基金資產增加265.8億美元至2.692萬億美元-\-\iMoneyNet
標題新聞:美國總統奧巴馬簽署國會兩黨達成的兩年美國預算協定法案
美股收漲 道指和標普500指數雙雙收在紀錄高位
李克強區域大棋局:內陸開放是未來最大迴旋地
黑龍江綏芬河上報自貿區申請 已放開盧布兌換
2013年營改增擴圍為企業減負約1400億
國資改革將唱響重組大戲 明年國企數量或將縮減
部分區域房價跳水樓市假性降溫 明年房價或爬緩坡
【區域經濟】深圳調整2014年最低工資標準提高至1808元
(修正)天津碳權交易市場開張 計畫年發放1.6億噸碳排放額
【民生經濟】社科院建議2016年左右推行漸進延遲退休政策
中國壞帳飆升!批發零售、科技與製造業最糟 銀行承壓
【神州動態】財政部:加強地方債管理,加快房產稅立法
中國社科院:明年應堅持穩中求進的貨幣政策總基調
滬綜指收跌創逾四個月新低
中國今年末城鎮登記失業率有望控制在4.1%左右-\-\人社部
中國官方報告預測今年經濟增速7.6%
逆回購恢復一周單次操作 人行重在穩定市場信心
中國首批11家民企獲准試點移動通信轉售業務-\-\工信部
上證所力推上市公司分行業資訊披露
安倍:明年6月將公佈新成長策略
來年請期待125日元價位?分析師:日元貶勢一路向下不會變
《日本經濟》工業生產指數連3揚 惟增幅遜於預期
日本10年期國債收益率升至0.710%
收評:日經指數連續5個交易日創今年新高
日本金融廳勒令瑞穗整改 該集團董事長將辭職
日本央行行長稱經濟發展符合預期
金融機構向東電提供5000億日元貸款
日本國內汽車產量連續3個月保持增長
日本粗鋼產量預創6年來新高
快訊:日本11月消費者物價指數同比上升1.2%
快訊:日本有效求人倍率升至1創6年多新高
日央行會議記錄:一位成員認為 成長下滑非短暫現象 而是整個趨勢下行
國際油市:美國原油觸及接近100美元的兩個月高位
國際油價收高 成品油需求強勁
人民幣中間價報6.1050 逆市突破6.11創新高
拉美匯市:巴西雷亞爾小升,仍受壓於美聯儲政策前景
美元兌日圓觸及五年高位 因美日兩國貨幣政策前景背道而馳
人民幣即期大幅收貶 尾盤購匯突起引發市場異動
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