蔡正元被北檢起訴後的案情說明：
一、檢方偵辦有幾個方向：
1、背信侵佔中影公司減資款
2、背信侵佔阿波羅公司資金
3、背信侵佔領航基金會
4、違反商業會計法71條
5、洪菱霙、洪信行列共同被告
二、「背信侵佔中影公司減資款」：
1、台北地檢署已作過不起訴處分
2、羈押被告蔡正元的事由不是背信侵佔中影公司減資款
3、偵訊過程及內容也無關中影公司減資款
4、本指控僅存在於對媒體發布的訊息
三、「背信侵佔阿波羅公司資金」：
1、阿波羅公司百分之百股權都是被告蔡正元一人所有，蔡正元從阿波羅公司取得資金，不構成背信侵佔問題。
2、阿波羅公司是受蔡正元委託才持有該項資金，並非阿波羅公司的原有資金，蔡正元以委託人的身份取回資金，不構成背信侵佔。
3、阿波羅公司持有該項資金早已列入內帳要支付給蔡正元、莊婉均、羅玉珍三人，但因三人另有合約爭議，蔡正元要求阿波羅公司將該項資金先信託給蔡正元，由蔡正元自行與羅玉珍、莊婉均會算，這不構成背信侵佔。
4、合約到期前，蔡正元會算取得應可取得的資金，縱使羅玉珍、莊婉均有不同意見，仍只是民事爭議，不構成背信侵佔阿波羅資金。
5、信託契約屆期，蔡正元將會算結餘款返還給阿波羅公司，再由阿波羅公司返還給委託人蔡正元，亦不構成背信侵佔阿波羅資金。
四、「背信侵佔領航基金會」：
1、絕無此事，只有蔡正元借款給領航基金會，絕無領航基金會付任何款項給蔡正元。
2、105年5月蔡正元入住基金會的房宅，因爲105年2月主管機關教育部指示蔡正元買回該房宅，不要讓基金會積欠蔡正元高額負債，蔡正元才入住，並依教育部指示完成產權轉讓事宜，這不涉及背信侵佔。
五、「違反商業會計法71條」：
1、阿波羅公司部份資金出入未列帳，是當時聽從會計師的意見，認為等民事訴訟結果出來再補列帳，只是沒想到部份訴訟到現在還在更二審，並無違法之故意。
六、「洪菱霙、洪信行列共同被告」：
1、洪菱霙當時只是蔡正元的助理，不知蔡正元的資金管理事宜，僅替蔡正元跑銀行，辦手續，不構成背信侵佔。
2、洪信行是蔡正元的債權人，蔡正元還錢給洪信行，洪信行不構成背信侵佔。
七、檢方用「中影股款」指涉蔡正元取得莊婉均7.5億元債權，再蒙受兩次黑道槍殺之風險，要回的5億元款項，這筆款項是蔡正元的資金，不是中影的，蔡正元用於處理各項契約債權債務，蔡正元本人也是債權人，用於投資房產、股票、支付費用，沒有侵佔背信及洗錢防制的問題。
