昨天的總統辯論會上，蔡英文主席提到當年美麗島事件，獄方要我寫下遺書。彼時的我為了和民主前輩共同爭取台灣民主而身陷囹圄，面對可能的審判，無畏無懼，唯一牽掛的只有台灣的未來。於是我決定這封遺書要寫給台灣人民。
台灣人民的託付，我們未曾自肩頭卸下，36年以後再重新回想，當時接受軍法審判的心境以及追求公平、自由社會的堅持，至今我依然警惕不忘初衷。未來，請讓蔡英文承擔起台灣的責任，明年1月16日，請大家一定要出來投票。我們已經做好一切準備，再19天，改革就會開始。
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【獄中遺言】 陳菊
一、願所有受苦、被受縛、被壓迫的人早日得到解放，願我深愛的故鄉──台灣的人民早日享有真正的公平、平等、自由、民主的生活。祈法律能象徵代表正義，而非只是統治的工具，形同具文愚弄人民。
二、聖經上記載保羅在獄中致書提摩太說：「那美好的仗，我已經打過了，當跑的路我已經跑盡了，所幸的道，我已經守住了。」人子耶穌被釘死在十字架也沒有為自己辯解，雖然我受盡了悔辱、欺凌，但我心無恨亦無所懼，我深信一切的是非、功過、歷史自有公正的論斷。
三、監獄是人類的恥辱，政治監獄尤其殘酷，惟可恥的並不是受囚禁的人，我至死堅信，鼓勵人民爭取維護自己的權利，是行使人類良心的行為，絕不是暴力。
四、我感謝並懷念所有愛我的朋友，不管此刻你們在台灣亦或在海外，請你們持續民主的香火，請你們永遠記取故鄉蒼生苦難的呼喚，不必為我悲傷，卅年來我不是第一個犧牲者，但希望最後一個。而念及義雄兄的滅門慘劇，我在大的痛楚都微不足道。
五、我向我最好的日本友人──三宅女士致敬，你為臺灣的人權奔走呼籲十年如一日；我所隸屬的東亞人權協會主席──司馬晉教授、好友林邁爾(Lynn Miles)以及為台灣政治犯默默努力的許多無名英雄，我向你們致最深摯的致意。
六、與我共唱《黃昏的故鄉》的友人，請你們不必因大逮捕而難過、懊惱，我最後緊握你們的手，凝視你們因故鄉而滄桑的臉，也包含我一切的了解、諒解和期待，希望我們能活在台灣人的心中。
七、我向史明老伯致意，三宅女士深知我對你的敬重，我已盡心盡力，期盼沒有讓你失望。
八、多年來與我共迎風暴和苦難的戰友，我知不管我的處境有多惡劣，你們永遠對我有信心，而我從早歲投入運動，從關心政治犯演變到最後亦得受唯一死刑審判的政治犯，這是必然的歷程，謹請司馬、慶黎、秋菫看顧我年老的父母，千萬不要讓他們陷於那麼孤苦和無助。
九、最後，我向父母手足致歉，進弟、雄弟得堅強，若我死於獄中，請葬我於老家三星的山上。人生有許多遺憾，有志未酬是其一，惟我能堪破，若有墓碑文字請司馬文武親撰。
陳菊于獄中親筆(一九八零年元月在調查局偵訊中被迫撰寫，一九八零年四月二十六日再稿，交予高瑞錚律師帶出監獄。)
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