金江艦飛彈事件的發生，絕對不可原諒。
我與國軍榮辱與共。國軍做得好的時候，我與國軍同享榮耀。不過，當國軍犯錯的時候，我也一定會跟國軍共同面對。國軍的尊嚴，要靠大刀闊斧的改革才能贏回來。國軍不需要害怕被檢討。勇於反省，才能壯大國軍。
回國後的第一件事，是聽取相關單位對於發生金江艦飛彈事件的簡報，並對此事件有六點裁示：
一、除了再次向罹難的黃文忠船長表示哀悼，我也對受傷的船員致上歉意，相關單位務必全力協助家屬善後及賠償事宜，政府一定負責到底。
二、這個事件的發生，絕對不可原諒。會發生金江艦飛彈事件，代表我們的某些國軍部隊運作存在嚴重的問題。這次事件，絕對不只是個人操作失誤的問題。雄風三型飛彈這種高度精準武器，具備了多重安全保險設計，但是在這次事件裡，卻因為人為操作問題，竟然全部沒有作用，令人難以想像。
這代表該部隊紀律鬆散，從管理到訓練，許多環節都出了問題，而毫無警覺。做為三軍統帥，我無法容忍這樣的事情發生。因此，我要求國防部長與海軍司令，務必完成以下兩項交付的任務。
1. 海軍的艦隊管理、人員紀律、教育訓練，由海軍司令負完全責任，立即完成整頓。從訓練到作戰，所有機制，重新檢討，總統要求在最短時間內看到成果。
2. 精準武器的控管，是非常重要的事。這次意外相當嚴重，代表部隊內部安全管制，發生重大問題。總統要求國防部長立刻負起全責，除了檢討本次事件，應該在2個月內提出國軍精準武器控管的具體改善方案。
三、為了國軍形象，本案不能輕忽。目前，本案也進入司法程序，法務部已責成高檢署檢察長召集專案小組，進行調查。我要求軍方全力配合，務必在最短的時間內，給家屬以及社會大眾一個清楚的交代。「水落石出」是這個事情唯一的選項。在司法調查告一段落後，不排除增加懲處名單。
除了現有的調查之外，國軍應該針對社會大眾的質疑，提出更詳細的說明。唯有澄清所有質疑，才能維繫社會對國軍的信心，也才能維持對外關係的穩定。
四、我要求國防部和參謀本部，除了追究失職人員的責任之外，務必深究事件發生的系統性失靈原因，同時，國防部上上下下必須制定更嚴謹的操演準則，相關人員的訓練也必須更嚴格和確實。
在聽取簡報過程中，我告訴國防部：「沒有標準作業程序，就立刻去訂定；若是已有標準作業程序，士官兵不確實執行，這就是目無軍紀，人謀不臧。軍隊沒有紀律，便不叫軍隊。」我真的希望，國防部針對這一點確實反省檢討。
五、對於國軍近來發生幾起負面事件，作為三軍統帥，接下來的改革，我會和國軍一起承擔。
我與國軍榮辱與共。國軍做得好的時候，我與國軍同享榮耀。不過，當國軍犯錯的時候，我也一定會跟國軍共同面對。
國軍的尊嚴，要靠大刀闊斧的改革才能贏回來。國軍不需要害怕被檢討。勇於反省，才能壯大國軍。
六、相關部門要針對這次事件，向周邊國家以及中國大陸做出完整的說明，並重申我國維持台海及區域和平穩定的決心，沒有任何改變。
針對受傷的菲籍與越藉漁工，我們已請相關行政機關提供協助，並已指示駐菲律賓和越南的代表處向漁工家屬致意。
